Cada vez que alguien procesa un pago en Shopify con una pasarela externa (Mercado Pago, PayPal, Conekta), Shopify cobra una comisión adicional sobre la venta. Esa comisión va del 0.6% al 2% dependiendo del plan, y se suma a la comisión que ya cobra la pasarela. Con Shopify Payments, esa comisión adicional desaparece.
Parece un detalle menor, pero en una tienda que factura $200,000 MXN al mes, esa diferencia puede representar entre $1,200 y $4,000 MXN mensuales. Al año son $15,000 a $48,000 MXN que se van en comisiones que podrías evitar.
Shopify Payments está disponible en México y es la opción que recomendamos como pasarela principal en la mayoría de las tiendas que configuramos. Pero no es la solución perfecta para todos los casos. Si estás arrancando tu tienda o evaluando cambiar de pasarela, aquí te explicamos cómo funciona, cuánto cuesta y cuándo tiene sentido usarlo. Para un panorama completo de la plataforma, revisa nuestra guía de Shopify México.
¿Qué es Shopify Payments?
Shopify Payments es la pasarela de pago nativa de Shopify. Detrás de la interfaz, el procesamiento lo hace Stripe, que es una de las procesadoras más grandes y confiables del mundo. Cuando activas Shopify Payments, tu tienda puede aceptar tarjetas de crédito y débito (Visa, Mastercard, AMEX) directamente en el checkout sin necesidad de integrar un proveedor externo.
La ventaja principal no es la tecnología (Stripe procesa pagos igual de bien si lo integras por separado), sino que elimina la comisión de transacción adicional que Shopify cobra en todos los planes cuando usas otra pasarela. Esa comisión es independiente de lo que cobra la pasarela por procesar el pago, así que con un proveedor externo siempre estás pagando doble comisión: la del proveedor y la de Shopify.
Shopify Payments se activa desde el admin de Shopify, no requiere crear cuenta aparte con Stripe, y los fondos se depositan directamente en tu cuenta bancaria mexicana.
Comisiones de Shopify Payments por plan
Las comisiones varían según el plan de Shopify que tengas contratado. A mayor plan, menor comisión. Estos son los rangos para México en 2026 (verifica las cifras exactas en shopify.com, ya que Shopify ajusta tarifas periódicamente):
Plan | Precio mensual | Comisión online | Comisión presencial | Comisión extra por otra pasarela |
|---|---|---|---|---|
Basic | $599 MXN | 3.5% + $3 MXN | 3.2% + $0 | 2.0% |
Shopify | $1,699 MXN | 3.2% + $3 MXN | 2.9% + $0 | 1.0% |
Advanced | $4,599 MXN | 3.0% + $3 MXN | 2.7% + $0 | 0.6% |
La última columna es la clave: esa comisión extra se aplica cuando usas cualquier pasarela que no sea Shopify Payments. Si tienes el plan Basic y usas Mercado Pago, además de las comisiones de Mercado Pago (que rondan el 3.5% + IVA), Shopify te cobra un 2% adicional. Eso significa que en un cobro de $1,000 MXN con Mercado Pago en plan Basic, pagas aproximadamente $35 de comisión a MP + $20 a Shopify = $55 en comisiones.
Con Shopify Payments en el mismo plan Basic, pagas $35 + $3 = $38. La diferencia parece pequeña por transacción, pero se acumula.
Ejemplo con cobro de $1,500 MXN
Para que el impacto sea más concreto, así se ve la comisión total en cada plan para una venta online de $1,500 MXN:
Plan | Con Shopify Payments | Con Mercado Pago (comisión SP + extra) |
|---|---|---|
Basic | $55.50 ($52.50 + $3) | $52.50 (MP) + $30 (Shopify) = $82.50 |
Shopify | $51 ($48 + $3) | $52.50 (MP) + $15 (Shopify) = $67.50 |
Advanced | $48 ($45 + $3) | $52.50 (MP) + $9 (Shopify) = $61.50 |
Nota: Las comisiones de Mercado Pago usadas son aproximadas. Consulta las comisiones actualizadas de Mercado Pago y usa nuestra calculadora de comisiones para modelar escenarios con tus números reales.
La diferencia por transacción va de $13.50 a $27 MXN. En una tienda que procesa 300 transacciones al mes, eso es un ahorro de $4,050 a $8,100 MXN mensuales.
Cómo activar Shopify Payments en México
El proceso es directo y se hace desde el admin de Shopify. No necesitas ir a Stripe por separado ni hacer trámites adicionales.
Requisitos
Tener una tienda en Shopify con dirección de negocio en México
RFC vigente (persona física con actividad empresarial o persona moral)
Cuenta bancaria mexicana a nombre del titular del negocio
Identificación oficial vigente
Información de tu negocio (giro, sitio web, descripción de productos)
Paso a paso
En tu admin de Shopify, ve a Configuración → Pagos.
En la sección de Shopify Payments, haz clic en Activar Shopify Payments (o Completar la configuración si ya iniciaste el proceso).
Llena la información de tu negocio: nombre legal, RFC, dirección fiscal, giro comercial.
Agrega tus datos bancarios: CLABE interbancaria de la cuenta donde quieres recibir los depósitos.
Sube tu identificación oficial y completa la verificación.
Shopify revisa tu solicitud. En la mayoría de los casos, la activación es inmediata o toma 1-2 días hábiles.
¿Qué pasa si no calificas?
Shopify Payments tiene restricciones por tipo de negocio. Si vendes productos de alto riesgo (CBD, suplementos con claims médicos, armas, contenido para adultos, criptomonedas), es probable que Stripe no te apruebe. En esos casos, tendrás que usar una pasarela externa y absorber la comisión adicional, o buscar procesadoras especializadas en tu nicho.
Si tu solicitud es rechazada, Shopify te notifica el motivo. A veces es un error en la documentación (RFC incorrecto, cuenta bancaria que no coincide con el titular) y se resuelve corrigiéndolo.
Shopify Payments vs Mercado Pago
Esta es la comparación que más nos preguntan. Mercado Pago es la pasarela más popular en ecommerce en México por su penetración y porque acepta métodos de pago que Shopify Payments no cubre: saldo de Mercado Pago, pagos en OXXO y otras tiendas de conveniencia, y compras a meses sin tarjeta de crédito a través de Mercado Crédito.
Característica | Shopify Payments | Mercado Pago |
|---|---|---|
Comisión online aproximada | 3.0% - 3.5% + $3 MXN | 3.49% + IVA (variable) |
Comisión extra de Shopify | No aplica | 0.6% - 2.0% según plan |
Pago en OXXO | No | Sí |
Saldo de Mercado Pago | No | Sí |
Meses sin tarjeta (Mercado Crédito) | No | Sí |
Tarjetas de crédito/débito | Sí (Visa, MC, AMEX) | Sí |
Depósito en cuenta bancaria | 2-3 días hábiles | 2 días hábiles (o inmediato con costo) |
Integración con Shopify | Nativa (checkout directo) | App de tercero |
El factor decisivo suele ser el pago en OXXO y Mercado Crédito. Si tu público compra en tiendas de conveniencia o necesita financiamiento sin tarjeta de crédito, Mercado Pago cubre un segmento de clientes que Shopify Payments no puede alcanzar. Para una comparativa más amplia de pasarelas, revisa nuestro análisis de Stripe vs Mercado Pago vs Conekta.
Shopify Payments vs Stripe directo
Aquí hay una confusión frecuente: Shopify Payments y Stripe son técnicamente lo mismo. Shopify Payments usa la infraestructura de Stripe para procesar pagos. Cuando un cliente paga con tarjeta en tu tienda, Stripe es quien procesa la transacción.
Entonces, ¿cuándo tendría sentido usar Stripe por separado?
Casi nunca dentro de Shopify. Si usas Stripe como pasarela independiente en Shopify (en lugar de Shopify Payments), pierdes la eliminación de la comisión extra. Estarías pagando las mismas comisiones de procesamiento de Stripe más la comisión adicional de Shopify por proveedor externo.
La única razón para usar Stripe directo sería si tu negocio requiere configuraciones de Stripe que Shopify Payments no expone (split payments, suscripciones avanzadas con Stripe Billing, o Connect para marketplaces). Pero para el 95% de las tiendas en Shopify, Shopify Payments te da todo lo que Stripe ofrece sin la comisión extra.
Shopify Payments vs PayPal
PayPal tiene un rol diferente al de Shopify Payments. No son competidores directos, sino complementarios.
PayPal funciona como opción de pago adicional para clientes que prefieren no ingresar sus datos de tarjeta directamente en tu sitio. Hay un segmento de compradores que confía más en PayPal porque ya tienen su tarjeta asociada ahí y no necesitan ingresarla en cada tienda nueva. Para conocer los costos exactos de PayPal en México, revisa nuestro artículo de comisiones de PayPal.
Nuestra recomendación: usa Shopify Payments como pasarela principal (para eliminar la comisión extra) y agrega PayPal como opción secundaria. Sí, vas a pagar la comisión adicional de Shopify en las transacciones que pasen por PayPal, pero esas representan típicamente entre el 10% y el 20% de las ventas, no el 100%.
Lo que no recomendamos es usar PayPal como única pasarela. Las comisiones de PayPal ya son de las más altas del mercado; sumarle la comisión extra de Shopify las hace inviables como canal principal.
¿Cuándo no conviene Shopify Payments?
Shopify Payments es la mejor opción para la mayoría de las tiendas en Shopify, pero hay escenarios donde no es suficiente o no es viable.
Si necesitas cobrar en OXXO o tiendas de conveniencia. Una parte significativa de los compradores en México no tiene tarjeta de crédito o prefiere pagar en efectivo. Si tu público está en ese segmento, necesitas Mercado Pago o Conekta como pasarela complementaria. Shopify Payments solo acepta tarjetas.
Si vendes productos de categorías restringidas. Stripe (y por lo tanto Shopify Payments) no procesa pagos para ciertos tipos de productos. Si tu negocio cae en alguna categoría restringida, vas a necesitar una pasarela alternativa como Conekta, que tiene políticas diferentes de aceptación.
Si ya tienes tarifas negociadas con otra pasarela. Algunos negocios con volumen alto tienen acuerdos con procesadoras que les dan tarifas por debajo de las estándar. Si tu comisión negociada con Conekta o Mercado Pago es del 2.5% y la de Shopify Payments es del 3.5%, el ahorro de eliminar la comisión extra de Shopify puede no compensar la diferencia en la tarifa base.
Si necesitas cobro presencial con terminal. Shopify Payments ofrece cobro presencial con las terminales de Shopify POS, pero estas tienen disponibilidad limitada en México. Si necesitas terminal física, revisa si en tu zona hay acceso a los lectores de Shopify; de lo contrario, opciones como Clip o Mercado Pago Point pueden ser más prácticas.
La configuración que recomendamos
Después de configurar más de 50 tiendas en Shopify, la combinación que mejor funciona para la mayoría de los negocios en México es:
Shopify Payments como pasarela principal. Procesa todas las transacciones con tarjeta de crédito y débito sin la comisión extra de Shopify. Es la opción más rentable para el método de pago que representa entre el 60% y el 80% de las ventas en ecommerce en México.
Mercado Pago como pasarela complementaria. Para capturar a los clientes que pagan en OXXO, con saldo de Mercado Pago o con Mercado Crédito. Sí, estas transacciones pagan la comisión extra de Shopify, pero representan un volumen menor y te permiten no perder esas ventas.
PayPal como tercera opción (opcional). Para el segmento de compradores que prefiere PayPal por conveniencia o confianza. No es indispensable, pero puede representar un 10-15% adicional de ventas que de otra forma perderías.
Esta combinación cubre prácticamente todos los métodos de pago que usan los compradores en México, minimiza las comisiones totales y maximiza la tasa de conversión en el checkout. Un checkout con pocas opciones de pago es una de las razones más comunes por las que una tienda no convierte.
Preguntas frecuentes
¿Shopify Payments funciona en México?
Sí. Shopify Payments está disponible en México desde hace varios años. Necesitas RFC, cuenta bancaria mexicana y pasar la verificación de identidad de Stripe. El proceso de activación se hace directamente desde el admin de Shopify.
¿Puedo usar Shopify Payments y Mercado Pago al mismo tiempo?
Sí, y es lo que recomendamos. Shopify Payments procesa tarjetas sin la comisión extra, y Mercado Pago cubre los métodos de pago que Shopify Payments no soporta (OXXO, saldo MP, Mercado Crédito). Las transacciones por Mercado Pago sí pagan la comisión adicional de Shopify, pero capturas ventas que de otra forma perderías.
¿Cuánto tarda en llegar el dinero con Shopify Payments en México?
Los depósitos se realizan en un plazo de 2 a 3 días hábiles a tu cuenta bancaria mexicana. El primer depósito puede tardar más (hasta 7 días hábiles) mientras Stripe verifica tu cuenta. Después, los depósitos son regulares y automáticos.
¿Shopify Payments cobra IVA sobre la comisión?
Sí. Las comisiones de Shopify Payments en México están sujetas a IVA (16%). El IVA de la comisión es deducible fiscalmente si estás dado de alta con actividad empresarial. Esto aplica igual para cualquier pasarela de pagos en México.
¿Vale la pena subir de plan de Shopify solo por la comisión más baja?
Depende de tu volumen de ventas. Si estás en el plan Basic (comisión de 3.5%) y procesas más de $100,000 MXN al mes, la diferencia de comisión al subir al plan Shopify (3.2%) puede compensar el costo adicional del plan. Haz el cálculo con nuestra calculadora de comisiones para ver en qué punto tu volumen justifica el upgrade.
¿Necesitas configurar tu tienda en Shopify con las pasarelas correctas?
Configuramos Shopify Payments, Mercado Pago y las pasarelas que tu negocio necesita para maximizar conversiones y minimizar comisiones. Conoce nuestro servicio de tiendas Shopify.
