En México, las tres opciones principales para tiendas en línea son Stripe, Mercado Pago y Conekta. Las tres funcionan. Las tres son confiables. Pero cada una tiene ventajas y desventajas específicas que deberías conocer antes de decidir.
Esta comparativa no tiene sesgo hacia ninguna. Usamos las tres con distintos clientes según lo que cada negocio necesita.
Si quieres comparar comisiones con tu monto exacto, usa la calculadora de comisiones →
Comparativa rápida
Stripe | Mercado Pago | Conekta | |
|---|---|---|---|
Comisión tarjeta | 3.6% + $3 MXN | 3.49% + $4 MXN | 3.4% + $3 MXN |
IVA sobre comisión | +16% | +16% | +16% |
Comisión efectiva con IVA ($1,500) | 4.41% | 4.36% | 4.18% |
Recibes ($1,500) | $1,433.88 | $1,434.63 | $1,437.36 |
Pago en efectivo | No nativo | Oxxo (3.79% + $4) | Oxxo y otras tiendas (2.6% + $3) |
Cobro en persona | Lector de tarjetas | QR y terminal Point | No |
MSI disponible | Sí | Sí | Sí |
En Shopify México | No por separado (es Shopify Payments) | Sí, proveedor externo | Sí, proveedor externo |
API/Personalización | Excelente | Buena | Buena |
Disponibilidad del dinero | 2-7 días | Al instante* | 2-3 días |
*Al instante con la comisión más alta.
Stripe: la más simple y predecible
Comisiones
3.6% + $3 MXN + IVA (16%) por transacción con tarjeta nacional, y 0.5% más si la tarjeta es extranjera. Stripe aclara en su página de precios para México que todas sus comisiones excluyen el IVA.
Para un cobro de $1,500 MXN:
Ventajas
Una sola tarifa. 3.6% + $3 MXN + IVA para cualquier tarjeta nacional, sin tablas por plazo de retiro como las de Mercado Pago.
La mejor API del mercado. Si necesitas integraciones personalizadas, webhooks, suscripciones o flujos de pago complejos, la API de Stripe es la más documentada y flexible.
Dashboard claro. El panel de control de Stripe es limpio, con reportes detallados y datos de cada transacción.
Desventajas
No se puede activar en Shopify México. En los países donde existe Shopify Payments, Shopify no ofrece Stripe como proveedor aparte, porque Stripe es el socio bancario de Shopify Payments. En una tienda Shopify, la opción equivalente es Shopify Payments (3.5% + $3 MXN en el plan Basic), sin cargo por proveedor externo.
No hay pago en efectivo nativo. Si tus clientes quieren pagar en Oxxo, necesitas otra solución adicional.
No hay QR para cobros presenciales. Para vender en persona, Stripe usa lectores de tarjetas (desde $899 MXN + IVA) con la misma comisión de 3.6% + $3 MXN.
Menos reconocido por el consumidor. El comprador promedio en México no “conoce” Stripe. No aparece como marca visible en el checkout de la misma forma que Mercado Pago o PayPal.
Disponibilidad del dinero: 2-7 días hábiles, sin opción de disposición instantánea.
¿Para quién es Stripe?
Para negocios que venden fuera de Shopify (WooCommerce, un sitio a la medida o links de pago) y necesitan integraciones por API, suscripciones o cobros a clientes de otros países. Por comisión no es la más barata: con IVA, cuesta más que Conekta en cualquier monto y más que Mercado Pago en cobros de más de $909 MXN.
Mercado Pago: la más versátil
Comisiones
3.49% + $4 MXN + IVA (16%) por transacción vía Checkout.
Para un cobro de $1,500 MXN:
Para el desglose completo de todas las tarifas: Comisiones Mercado Pago 2026.
Ventajas
El consumidor la conoce y confía. Millones de mexicanos tienen cuenta de Mercado Pago. Ofrecer MP como opción reduce la fricción para una porción significativa de compradores.
Pago en efectivo (Oxxo). Tus clientes pueden pagar en Oxxo sin tarjeta. Esto abre la puerta a un segmento que no tiene o no quiere usar tarjeta.
QR y terminal para cobros presenciales. Si vendes en persona, puedes cobrar con QR o con la terminal Point. La tarifa del QR cambia según el medio de pago y el plazo de retiro.
Disponibilidad instantánea del dinero. Puedes tener el dinero al instante en tu cuenta (con la comisión más alta) o esperar 14-30 días para pagar menos.
Ecosistema Mercado Libre. Si también vendes en Mercado Libre, todo se unifica en una sola cuenta.
Desventajas
IVA adicional. El 3.49% se convierte en ~4.05% después de IVA. Stripe y Conekta también suman IVA, así que la diferencia real está en el porcentaje y en el cargo fijo.
Cargo fijo más alto ($4 MXN vs $3 de Stripe). En tickets bajos, este peso es más significativo.
Comisión extra de Shopify. Si usas Mercado Pago en Shopify, pagas la comisión de MP más el 2% de Shopify por proveedor externo (en el plan Basic).
Dashboard menos intuitivo. El panel de Mercado Pago para negocios tiene más funciones pero es más difícil de navegar que el de Stripe.
¿Para quién es Mercado Pago?
Para negocios que necesitan la mayor versatilidad: cobro online + presencial + efectivo. Si tu audiencia incluye compradores que prefieren pagar con su saldo de MP o en Oxxo, Mercado Pago cubre más escenarios que cualquier otra pasarela.
Conekta: la más económica
Comisiones
3.4% + $3 MXN + IVA (16%) por transacción estándar.
Para un cobro de $1,500 MXN:
Ventajas
La comisión más baja de las tres. 3.4% + $3 MXN + IVA: el mismo cargo fijo que Stripe con 0.2 puntos menos de porcentaje. En un cobro de $1,500 MXN te cobra $62.64, contra $66.12 de Stripe.
Pago en efectivo y SPEI. Conekta Efectivo cobra 2.6% + $3 MXN + IVA (mínimo $5.40) y acepta Oxxo, 7-Eleven, farmacias y más de 19,000 puntos; la tienda le cobra al cliente de $10 a $13 MXN. La transferencia SPEI cuesta desde $12.50 MXN + IVA.
Empresa mexicana. El soporte es en español, por mexicanos, en horario mexicano. Si tienes un problema, hablas con alguien que entiende el contexto local.
Buena integración con Shopify. Plugin nativo disponible.
Desventajas
Menos reconocida por el consumidor. El comprador no ve “Conekta” como marca de confianza en el checkout — ve un formulario de tarjeta genérico. No tiene la ventaja de reconocimiento de Mercado Pago.
IVA adicional. Como Mercado Pago y Stripe, el porcentaje anunciado no incluye IVA.
Ecosistema de apps más limitado. Menos integraciones y documentación comparada con Stripe.
Sin QR presencial. Al igual que Stripe, no tiene solución para cobros en persona con QR.
¿Para quién es Conekta?
Para negocios que priorizan la comisión más baja posible y valoran el soporte local. Si no necesitas QR presencial ni el reconocimiento de marca de Mercado Pago, Conekta te deja más dinero por cada venta.
La comparativa que realmente importa: tu margen
Más que la comisión porcentual, lo que importa es cuánto te queda después de todos los costos. Veamos con diferentes montos (todas las cifras incluyen el 16% de IVA sobre la comisión):
Cobro de $500 MXN
Pasarela | Comisión total | Recibes | Efectiva |
|---|---|---|---|
Conekta | $23.20 | $476.80 | 4.64% |
Stripe | $24.36 | $475.64 | 4.87% |
Mercado Pago | $24.88 | $475.12 | 4.98% |
Cobro de $1,500 MXN
Pasarela | Comisión total | Recibes | Efectiva |
|---|---|---|---|
Conekta | $62.64 | $1,437.36 | 4.18% |
Mercado Pago | $65.37 | $1,434.63 | 4.36% |
Stripe | $66.12 | $1,433.88 | 4.41% |
Cobro de $5,000 MXN
Pasarela | Comisión total | Recibes | Efectiva |
|---|---|---|---|
Conekta | $200.68 | $4,799.32 | 4.01% |
Mercado Pago | $207.06 | $4,792.94 | 4.14% |
Stripe | $212.28 | $4,787.72 | 4.25% |
Patrón claro: Conekta es la más económica en todos los montos. Stripe le gana a Mercado Pago solo en cobros de menos de $909 MXN, por su cargo fijo de $3. Arriba de ese monto, Mercado Pago cobra menos.
Para calcular con tu monto específico: calculadora de comisiones →
¿Puedo usar más de una pasarela?
Sí, y es lo que recomendamos.
La estrategia que implementamos con la mayoría de nuestros clientes:
Pasarela principal: Shopify Payments si tu tienda es Shopify (evitas el cargo por proveedor externo), o Conekta si usas otra plataforma
Pasarela alternativa: Mercado Pago (para quienes prefieren pagar con su saldo o en Oxxo)
Tercera opción (opcional): PayPal (para compradores internacionales o quienes prefieren la protección de PayPal)
Shopify permite configurar múltiples pasarelas simultáneamente. El cliente elige cuál usar al momento de pagar.
Nuestra recomendación
No hay una respuesta universal. Pero basados en nuestra experiencia con más de 20 proyectos de ecommerce:
Si tu tienda está en Shopify: Shopify Payments como principal y Mercado Pago como alternativa. Stripe no se puede activar por separado en Shopify México.
Si vendes fuera de Shopify y necesitas API, suscripciones o cobros internacionales: Stripe. No es la más barata, pero es la más flexible.
Si necesitas cobrar en efectivo y en persona también: Mercado Pago como principal. Es la única que cubre online + efectivo + QR presencial.
Si tu volumen es alto y cada centavo cuenta: Conekta como principal. Es la más barata de las tres en cualquier monto, ya con IVA.
Para todos los casos: Ofrece al menos 2 opciones de pago. No pierdas una venta porque tu único método de pago no le funciona al cliente.
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