En México, las tres opciones principales para tiendas en línea son Stripe, Mercado Pago y Conekta. Las tres funcionan. Las tres son confiables. Pero cada una tiene ventajas y desventajas específicas que deberías conocer antes de decidir.

Esta comparativa no tiene sesgo hacia ninguna. Usamos las tres con distintos clientes según lo que cada negocio necesita.

Si quieres comparar comisiones con tu monto exacto, usa la calculadora de comisiones →

Comparativa rápida

*Al instante con la comisión más alta.

Stripe: la más simple y predecible

Comisiones

3.6% + $3 MXN por transacción. Punto. No hay IVA adicional sobre la comisión (ya está incluido en el porcentaje). No hay cargos ocultos por tipo de tarjeta.

Para un cobro de $1,500 MXN:

Comisión: $57.00
Recibes: $1,443.00
Comisión efectiva: 3.80

Comisión: $57.00
Recibes: $1,443.00
Comisión efectiva: 3.80

Comisión: $57.00
Recibes: $1,443.00
Comisión efectiva: 3.80

Comisión: $57.00
Recibes: $1,443.00
Comisión efectiva: 3.80

Ventajas

Transparencia total. Una tarifa, sin asteriscos, sin IVA separado. Lo que ves es lo que te cobran.

La mejor API del mercado. Si necesitas integraciones personalizadas, webhooks, suscripciones o flujos de pago complejos, la API de Stripe es la más documentada y flexible.

Sin comisión extra de Shopify. Stripe es un proveedor de pago directo compatible con Shopify sin el recargo del 2% por usar proveedor externo (en la mayoría de configuraciones).

Dashboard claro. El panel de control de Stripe es limpio, con reportes detallados y datos de cada transacción.

Desventajas

No hay pago en efectivo nativo. Si tus clientes quieren pagar en Oxxo, necesitas otra solución adicional.

No hay QR para cobros presenciales. Si vendes en persona, Stripe no tiene terminal ni QR.

Menos reconocido por el consumidor. El comprador promedio en México no "conoce" Stripe. No aparece como marca visible en el checkout de la misma forma que Mercado Pago o PayPal.

Disponibilidad del dinero: 2-7 días hábiles, sin opción de disposición instantánea.

¿Para quién es Stripe?

Para negocios que venden exclusivamente online, priorizan márgenes y no necesitan cobro en efectivo o presencial. Si tu audiencia paga con tarjeta y no le importa la marca de la pasarela, Stripe te ahorra dinero.

Mercado Pago: la más versátil

Comisiones

3.49% + $4 MXN + IVA (16%) por transacción vía Checkout.

Para un cobro de $1,500 MXN:

Comisión base: $56.35
IVA: $9.02
Total: $65.37
Recibes: $1,434.63
Comisión efectiva: 4.36

Comisión base: $56.35
IVA: $9.02
Total: $65.37
Recibes: $1,434.63
Comisión efectiva: 4.36

Comisión base: $56.35
IVA: $9.02
Total: $65.37
Recibes: $1,434.63
Comisión efectiva: 4.36

Comisión base: $56.35
IVA: $9.02
Total: $65.37
Recibes: $1,434.63
Comisión efectiva: 4.36

Para el desglose completo de todas las tarifas: Comisiones Mercado Pago 2026.

Ventajas

El consumidor la conoce y confía. Millones de mexicanos tienen cuenta de Mercado Pago. Ofrecer MP como opción reduce la fricción para una porción significativa de compradores.

Pago en efectivo (Oxxo). Tus clientes pueden pagar en Oxxo sin tarjeta. Esto abre la puerta a un segmento que no tiene o no quiere usar tarjeta.

QR para cobros presenciales. Si vendes en persona, el QR de Mercado Pago tiene las comisiones más bajas del mercado (0.99-2.99%).

Disponibilidad instantánea del dinero. Puedes tener el dinero al instante en tu cuenta (con la comisión más alta) o esperar 14-30 días para pagar menos.

Ecosistema Mercado Libre. Si también vendes en Mercado Libre, todo se unifica en una sola cuenta.

Desventajas

IVA adicional. El 3.49% se convierte en ~4.05% después de IVA. Esto la hace más cara que Stripe en la práctica.

Cargo fijo más alto ($4 MXN vs $3 de Stripe). En tickets bajos, este peso es más significativo.

Comisión extra de Shopify. Si usas Mercado Pago en Shopify, pagas la comisión de MP más el 2% de Shopify por proveedor externo (en el plan Basic).

Dashboard menos intuitivo. El panel de Mercado Pago para negocios tiene más funciones pero es más difícil de navegar que el de Stripe.

¿Para quién es Mercado Pago?

Para negocios que necesitan la mayor versatilidad: cobro online + presencial + efectivo. Si tu audiencia incluye compradores que prefieren pagar con su saldo de MP o en Oxxo, Mercado Pago cubre más escenarios que cualquier otra pasarela.

Conekta: la más económica

Comisiones

3.4% + $3 MXN + IVA (16%) por transacción estándar.

Para un cobro de $1,500 MXN:

Comisión base: $54.00
IVA: $8.64
Total: $62.64
Recibes: $1,437.36
Comisión efectiva: 4.18

Comisión base: $54.00
IVA: $8.64
Total: $62.64
Recibes: $1,437.36
Comisión efectiva: 4.18

Comisión base: $54.00
IVA: $8.64
Total: $62.64
Recibes: $1,437.36
Comisión efectiva: 4.18

Comisión base: $54.00
IVA: $8.64
Total: $62.64
Recibes: $1,437.36
Comisión efectiva: 4.18

Ventajas

La comisión más baja. El 3.4% base y el cargo fijo de $3 MXN, aunque similares a Stripe, resultan más económicos después de considerar que la comisión efectiva total es competitiva. Para negocios con alto volumen de transacciones, la diferencia se nota.

Pago en Oxxo y SPEI. Conekta integra pagos en efectivo y transferencia bancaria.

Empresa mexicana. El soporte es en español, por mexicanos, en horario mexicano. Si tienes un problema, hablas con alguien que entiende el contexto local.

Buena integración con Shopify. Plugin nativo disponible.

Desventajas

Menos reconocida por el consumidor. El comprador no ve "Conekta" como marca de confianza en el checkout — ve un formulario de tarjeta genérico. No tiene la ventaja de reconocimiento de Mercado Pago.

IVA adicional. Al igual que MP, el porcentaje anunciado no incluye IVA.

Ecosistema de apps más limitado. Menos integraciones y documentación comparada con Stripe.

Sin QR presencial. Al igual que Stripe, no tiene solución para cobros en persona con QR.

¿Para quién es Conekta?

Para negocios que priorizan la comisión más baja posible y valoran el soporte local. Si no necesitas QR presencial ni el reconocimiento de marca de Mercado Pago, Conekta te deja más dinero por cada venta.

La comparativa que realmente importa: tu margen

Más que la comisión porcentual, lo que importa es cuánto te queda después de todos los costos. Veamos con diferentes montos:

Cobro de $500 MXN

Cobro de $1,500 MXN

Cobro de $5,000 MXN

Patrón claro: Stripe es la más económica en todos los montos. La brecha con Mercado Pago se amplía con tickets más altos.

Para calcular con tu monto específico: calculadora de comisiones →

¿Puedo usar más de una pasarela?

Sí, y es lo que recomendamos.

La estrategia que implementamos con la mayoría de nuestros clientes:

1. Pasarela principal: Stripe o Shopify Payments (comisión más baja)

2. Pasarela alternativa: Mercado Pago (para quienes prefieren pagar con su saldo o en Oxxo)

3. Tercera opción (opcional): PayPal (para compradores internacionales o quienes prefieren la protección de PayPal)

Shopify permite configurar múltiples pasarelas simultáneamente. El cliente elige cuál usar al momento de pagar.

Nuestra recomendación

No hay una respuesta universal. Pero basados en nuestra experiencia con más de 50 proyectos de ecommerce:

Si vendes solo online y tu audiencia paga con tarjeta: Stripe como principal. Es la más barata y la más transparente.

Si necesitas cobrar en efectivo y en persona también: Mercado Pago como principal. Es la única que cubre online + efectivo + QR presencial.

Si tu volumen es alto y cada centavo cuenta: Conekta como principal. Tiene la comisión base más baja.

Para todos los casos: Ofrece al menos 2 opciones de pago. No pierdas una venta porque tu único método de pago no le funciona al cliente.

¿Necesitas ayuda configurando las pasarelas de pago en tu tienda Shopify?

Nosotros integramos la combinación que más te conviene. Conoce nuestro servicio →